按规定，合作开发的软件的著作权，可以一同享受软件的著作权，但自己可以单独享有些部分，也可以自己享受那份著作权。除此之外，合作作品的著作权归属，其实你也可以根据协议约定。

通常情况中，两个或是两个人以上合作开发软件，刚开始是会签好确定归属的合作开发软件合同，假如合同中没明确归属，那样即便去办理软件著作权登记，那样也就会根据合作共有些方法确定归属。但后面要确定归属的话，也可以使用补充协议。

如果后面要补充协议的，在起草的时候除去要明确著作权的归属，另一方的权利外，同时要约定好法律责任条约、纠纷解决机制等，防范法律风险。

假如涉及的合作人较多，关系也较为复杂的话，建议在写补充协议的时候，最好是委托个专也律师代为书写，防止出现合同漏洞，以后承担风险。

做好补充协议之后，你下面可以去办个登记，登记的手续就按下面的做：

1、合作开发的软件进行著作权登记的，可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理。这里的话，仅需补充协议约定的归属的那一方去就好了。

2、需要带上下面的文件

1、申请表；

2、文档（设计文档、说明文档、用文档、操作手册、操作说明书任选一种，不足60页全部提交，超越60页提交前后各30页；每页不少于30行）；

3、源程序：也称源码（不足60页全部提交、超越60页提交前后各30页；每页不少于50行）；

4、申请人证明文件（自然人：身份证复印件签字；公司：营业执照复印件加盖公章）；

5、权利归属的证明文件

6、委托代理机构登记的需提供代理人身份证明文件和委托书

3、还需要缴纳下面几项成本

官费：新申请250元/件；证书费50元/件，代理机构成本大约500元。

最后，假如合作开发软件合同中没确定归属的话，后面要没补充协议的话，都是根据一同享有归属权的确定。如果你们对软件著作权归属有其他约定，因此导致纠纷的，建议最好就是准时找个专业律师问下先。